A pesar de los temores de algunos sectores de la población keniata, el gobierno de Kenyatta resultó moderado, prooccidental y progresista. Aunque Kenia, hacia finales de la década de 1960 era un Estado de partido único, se permitió una considerable libertad dentro del partido, y el gobierno pocas veces abusó en sus actuaciones.
Kenia se convirtió en república en 1964, siendo Kenyatta su primer presidente. Procuró mantener unas cordiales relaciones con los países vecinos. La política moderada y estable del gobierno de Kenyatta atrajo a un gran número de inversores extranjeros; se estableció una nueva área industrial cerca de Thika, y se modernizó la zona central de Nairobi. La industria del turismo, fundamentada en las grandes reservas nacionales de fauna salvaje, se expandió rápidamente para convertirse en la fuente más importante de entrada de moneda extranjera al país.
Los temores ante una posible guerra civil entre los grupos luo y kikuyu tras la muerte de Kenyatta en 1978, resultaron infundados y su sucesor, Daniel Arap Moi (fotografía) mantuvo al principio moderación política y económica de su antecesor, pero en junio de 1982 convirtió a Kenia en un Estado de partido único. Meses más tarde, las tropas leales aplastaron un intento de golpe de Estado por unidades de la fuerza aérea. Según avanzaba la década de 1980, el gobierno se enfrentó a críticas desde dentro y fuera del país. Muchos de los dirigentes críticos de Moi fueron encarcelados. A finales de 1991 las principales instituciones financieras internacionales y varios gobiernos occidentales suspendieron su ayuda económica, para forzar al gobierno de Moi a realizar reformas políticas y económicas.
Los partidos de la oposición fueron legalizados y en diciembre de 1992 se celebraron las primeras elecciones multipartidistas de Kenia. Moi y el KANU fueron reelegidos con una mayoría, pero esto provocó un brote de violencia étnica, principalmente dirigida contra la tribu que estaba en el poder, así, decenas de miles de personas fueron desplazadas de sus hogares y muchos fueron asesinados. Al mismo tiempo, el gobierno continuó castigando a los grupos de la oposición y se introdujeron duras reformas económicas dirigidas a luchar contra la corrupción, pero provocaron una gran inflación, el incremento del desempleo y duras restricciones en los servicios públicos.
En agosto de 1997 estallaron de nuevo graves conflictos en el país, y el presidente Moi se vio obligado a disolver el Parlamento (fotografía) como paso previo a la celebración de elecciones un mes después, fecha en la que concluía su mandato quinquenal, tras dos décadas en el poder. Previamente, el presidente había pactado con algunos sectores de la oposición, ciertas reformas constitucionales mediante las que quedaban derogadas varias disposiciones de época colonial que prohibían la participación electoral de los grupos opositores. Estos grupos se presentaron divididos a las elecciones, por lo que Moi fue reelegido presidente en diciembre.
Años más tarde, en las elecciones presidenciales y legislativas celebradas en diciembre de 2002 marcaron el fin de la hegemonía de Moi y de su partido. Emilio Mwai Kibaki (fotografía), presentado por la opositora Coalición Nacional Arco Iris, logró el 62,3% de los votos y se impuso al candidato del KANU, Uhuru Kenyatta, hijo del primer presidente del país, quien consiguió el 31,3%. En un referéndum celebrado el 21 de noviembre de 2005, los ciudadanos rechazaron el borrador de una nueva Constitución que reforzaba los poderes del jefe del Estado y había sido motivo de graves enfrentamientos hasta en el seno del propio gobierno. Dos días después, el presidente, que había apoyado el proyecto constitucional, disolvió el gobierno.
En las últimas elecciones generales celebradas el 27 de diciembre de 2007, Kibaki competía por la reelección contra el principal partido de la oposición, el Movimiento Democrático Naranja que tenía como candidato a Raila Odinga (fotografía derecha). Al principio del recuento, parecía que Odinga tenía una pequeña ventaja, pero según fue terminando el recuento Kibaki consiguió reducir la ventaja y al final imponerse en las elecciones. Las acusaciones de fraude, avaladas por observadores europeos, generaron graves disturbios y enfrentamientos entre grupos afines al presidente y opositores.
La crisis desencadenó una auténtica tragedia: aproximadamente 1.500 personas muertas y casi medio millón de desplazadas, y Odinga se llegó a proclamar el "Presidente del Pueblo", al tiempo que pedía un recuento y la renuncia de Kibaki.
El 18 de junio Odinga pidió el fin de las manifestaciones al tiempo que llamaba a un boicot económico a las empresas cercanas al presidente Kibaki y pedía una huelga. El ministro de economía de Kenia estimó que el brote de violencia había costado a Kenia 1.000 millones de dólares.
En febrero de 2008, Kibaki y Odinga alcanzaron un acuerdo para establecer un gobierno de coalición en el que el cargo de primer ministro sería para el líder del partido con mayor representación parlamentaria, en este caso, el Movimiento Democrático Naranja de Odinga, el cual se convirtió en jefe del gabinete.
